Zunächst schlossen sich alle Musikschulen der damaligen DDR in einem "Verband der Musikschulen der DDR" zusammen; die Gründungsversammlung fand am 17. März in Erfurt statt. Das vorläufige Arbeitspräsidium tagte am 12. April 1990 zu Fragen der künftigen Aufgaben des Verbandes. Nach der Aufnahme in den Verband begann man mit der Bildung der Landesverbände.

Am 20. September 1990 fand die Gründungsversammlung des Landesverbandes Thüringen in Erfurt statt. Zu Anfang waren 21 Schulen Mitglied, erster Vorsitzender war Günter Diez. Seit 1994 leitete Dr. Dieter Hoßfeld den Verband, ab März 1997 war Dr. Bernd Ehrhardt der Vorsitzende , im Jahr 2003 übernahm Rüdiger Kriwitzki den Vorsitz des Landesverbandes der Musikschulen Thüringen,. Im März 2009 wird Friedrun Vollmer, MKS Jena, von der Vollversammlung zur neuen Vorsitzenden gewählt.

Vom 25. - 27. November 1990 fand in Cottbus die letzte Generalversammlung des "Verbandes der Musikschulen der DDR" statt, bei der der Verband aufgelöst und die Zustimmung zum Beitritt in den "Verband deutscher Musikschulen" beschlossen wurde.

Durch die Gebietsreform gab es in den folgenden Jahren einige Veränderungen in der Anzahl der Schulen im Landesverband. Einige Landkreise legten Schulen zusammen, wobei zum größten Teil die Häuser als Zweigstellen erhalten blieben. Die Flächendeckung wurde sogar erheblich verbessert.